日本拥有许多独特的动植物物种，以下是一些著名的例子：
琉球兔（学名：Pentalagus furnessi），也称为奄美短耳兔，是一种仅分布于奄美大岛及德之岛的原始兔，被称为活化石。
日本大鲵（学名：Andrias japonicus），俗名大山椒鱼，是大鲵属的两个种之一，主要分布在日本本州岛南部、四国和九州，是日本国宝及一级保护动物。
日本髭羚（学名：Capricornis crispus），也称为日本鬣羚，生活在日本本州的密集林地。
绿雉（学名：Phasianus colchicus），是日本的国鸟，雄鸟身体长约0.9米，羽毛华丽，颈下有一显著白色环纹，雌鸟体型较小，尾巴也较短，全体砂褐色，有斑点。
日本樱花（Prunus serrulata），是著名的观赏植物，广泛种植于日本各地。
马醉木（学名：Daphne odora），是一种常绿灌木，其花和树皮具有毒性。
粉花绣线菊（学名：Spiraea japonica），是一种常见的观赏植物。
日本冷杉（学名：Abies fraseri），是一种常绿乔木，主要分布于日本高山地区。
日本小檗（学名：Berberis thunbergii），是一种常见的观赏植物，具有刺。
狸（学名：Nyctereutes procyonoides），虽然常被误认为是一种猫科动物，但实际上是一种犬科动物，称为貉。
日本松雀鹰（学名：Accipiter gularis），是一种小型猛禽，主要栖息于山地针叶林和混交林中。
这些物种不仅是日本的自然遗产，也是全球生物多样性的一部分。保护这些独特的动植物对于维持生态平衡和生物多样性至关重要。